Thung lũng là nơi có nhiều hang động tự nhiên được sử dụng là nơi trú ẩn và chôn cất cho đến tận thời đại đồ đá cũ. Điển hình như hang động Aassi Hauqqa gần Hawqa đã có nhiều di vật khảo cổ thời kỳ đồ đá, La Mã và Trung Cổ.

Từ những thế kỷ đầu của Kitô giáo, Thung lũng Thánh đã phục vụ như một nơi trú ẩn cho những ẩn sĩ. Các nhà sử học tin rằng Thung lũng Kadisha đã có những cộng đồng tu viện liên tục kể từ những năm đầu tiên của Kitô giáo. Ngoài ra nó cũng là điểm đến cho các nhà huyền môn Hồi giáo, hoặc Sufis, những người cũng đến đây để thiền định và muốn có sự riêng biệt.

Các cộng đồng Kitô hữu ban đầu chạy trốn cuộc đàn áp đã tìm nơi đến những nơi ẩn náu ở Kadisha. Trong đó có nhiều nhóm của Jacobites, Melkite, Nestorians, Armenian và thậm chí cả Ethiopia. Tuy nhiên, nhóm Maronite lại là cộng đồng chiếm ưu thế trong thung lũng. Từ cuối thế kỷ thứ 7, người Maronite chạy trốn đến thung lũng từ khu định cư ban đầu của họ ở Levante. Vào thời điểm đó, họ sợ bị những người Jacobites khủng bố, những người không phải là người Chalcedonian, và là những người đã bức hại Maronite của Chalcedonian, và cả trước các cuộc tấn công của người Hồi giáo. Khu định cư Maronite được gia cố vào thế kỷ thứ 10 sau sự tàn phá của Tu viện Thánh Maron. Các tu sĩ Maronite đã thành lập trung tâm tôn giáo mới của họ tại Qannubin nằm ở trung tâm của thung lũng, và các tu viện nhanh chóng lan rộng tại khắp những ngọn đồi xung quanh. Việc định cư sớm của những người Maronite trong thung lũng là sự kết hợp cả cộng đồng và các ẩn sĩ.